Luther-säätiön messut alkoivat Jyväskylässä ensimmäisenä adventtina vuonna 2008. Tällöin toiminnasta vastasi pastori Kalle Väätäinen.
Jesaja-yhteisö perustettiin pääsiäispäivänä 24.04.2011.
Seurakunta liittyi Suomen evankelisluterilaiseen lähetyshiippakuntaan maaliskuussa 2013.
Vuonna 2014 seurakunnan nimeksi tuli Jesajan luterilainen seurakunta.
Seurakunnan paimeneksi tuli tammikuussa 2009 pastori Antti Lehrbäck. Lokakuusta 2013 seurakunnan paimenena on palvellut pastori Harri Huovinen, joka on myös Lahdessa sijaitsevan Samuelin luterilaisen seurakunnan paimen.
Vuonna 2016 seurakunta kutsui ensimmäisen oman pastorin, Pekka-Tapio Hyppösen. Pekka siirtyi OTO -pastoriksi lokakuussa 2023 ja palvelee oman toimen ohessa lähetyshiippakunnan pastorina.
Elokuussa vuonna 2024 Elias Ikäläinen saapui Jesajan luterilaisen seurakunnan pastoriksi.