Suomen Luther-säätiön jumalanpalvelustoiminta alkoi Helsingin seudulla elokuussa vuonna 2000. Juhana Pohjola asetettiin 6.8.2000 rakentamaan seurakuntalaisten kanssa ensimmäistä säätiön jumalanpalvelusyhteisöä. Kolme vuotta myöhemmin perustettiin Markuksen seurakunta sen järjestäytyessä rekisteröimättömäksi yhdistykseksi 8.8.2003.
Erinäisten vaiheiden jälkeen Markuksen seurakunta löysi jumalanpalvelusten viettopaikan Helsingin Annankadulla sijaitsevista adventtikirkon tiloista. Seurakunnan toiminnan laajetessa jumalanpalvelusyhteisön jäsenet ehdottivat viikoittaisten messujen aloittamista Espoon kristillisellä koululla (os. Karapellontie 11). Toiminta aloitettiin Espoossa 1.9.2013. Espoon jumalanpalvelusyhteisö järjestäytyi seurakunnaksi tammikuun 12. päivä, vuonna 2014. Seurakunnan pastorina aloitti Eero Pihlava. Timo Marttinen toimi seurakunnan pastorina Eeron virkavapaan ajan 1.1.2017-1.8.2019. Nykyinen toimitilamme sijaitsee Kauniaisissa. Kokoonnumme joka sunnuntai klo 16 jumalanpalvelukseen Betlehem-kirkolla os. Yhtiöntie 33.
Seurakuntamme toiminnan voimavarana on alusta lähtien ollut seurakuntalaisten vapaaehtoinen toiminta. He vastaavat pastorin kanssa yhteisömme käytännön ja taloudellisen toiminnan edellytyksistä. Oman seurakuntamme palvelutehtävien hoitamisen ohella, seurakuntamme pastori ja jäsenet tukevat uusien jumalanpalvelusyhteisöjen rakentamista pääkaupunkiseudulla ja muualla Suomessa.