Lähetyshiippakunnan työ Iisalmessa alkoi vuoden 2009 alussa Suomen Luther-säätiön opetustilaisuuksien muodossa. Ensimmäiset messut pidettiin v. 2009 loppukeväästä. Danielin seurakunta järjestäytyi 25.11.2012 rekisteröimättömäksi yhdistykseksi. Tällöin Suomen Luther-säätiön jumalanpalvelustoimintaan osallistuneet Iisalmen ja lähiseudun ihmiset päättivät perustaa oman jumalanpalvelusyhteisön, seurakunnan. Pastoriksi kutsuttiin Filippuksen seurakunnan pastori.
Seurakunnan työtä suunnittelee ja ohjaa pastorin kanssa hallitus, joka valitaan vuosittaisessa jäsenkokouksessa. Seurakuntalaisten vastuunottamisella ja -kantamisella on aivan keskeinen asema seurakuntamme elämässä.